こんにちわ。
文字化け対策の件でよろしかったですよね。
（クロネコWebコレクトとの連携自体は出来ている前提）
最後の構文を
'<input type="submit" name="purchase" id="purchase_button" class="checkout_button" value="クロネコでお支払手続きをする"onClick="modChar(this.form)" />'.
'</div>'.としただけです。これで文字化けせずに動いております。
（クロネコが公開しているドキュメントと同じ設定です）