こんにちは。
「アップデートをするとカスタマイズした内容が消えてしまう」のは、Welcart 本体を直接改変されているからです。カスタマイズにはフックを使用し、プラグインのアップデートには影響されない方法で行うべきです。詳しくは以下をご参照ください。
Welcart のカスタマイズとフック
WordPress および Welcart をはじめプラグインは、常に機能追加や修正対応など、アップデートを繰り返していきます。特に脆弱性の修正でアップデートがあった場合は、バージョンアップは必ず行ったほうがよいと思います。