こんにちは。
Welcart Novaは、商品を視覚的に見てもらうためにと大きめな商品メイン画像が見れるような形で制作していました。
なので、カテゴリーが50件100件と膨大になるというのを想定していないんですよね・・・
サイドバーに表示しようとすると、膨大なものはアコーディオンメニューで対応とかになってきますね。
もしくは、現在表示しているカテゴリーの直下カテゴリーだけをサイドバーに表示するという形もとれるかと思います。
あとは、ブランドカテゴリーに入ってきた時は、category-◯◯.phpというのを個別に用意して商品自体は表示させずに配下カテゴリーをずらっと表示するというのも1つの手かと思います。
ぱっと思いつくのがこんな感じですが、全カテゴリー綺麗に表示させようというのはなかなかむずかしいですねぇ。。。