こんにちは。
まず、Welcart Bordeaux 1.0.2で確認しましたが問題なく表示されています。
これはパソコンの画面で見た場合なのですが、使っているテーマがレスポンシブなので、スマホで確認するとロゴ画像は表示（横幅100%で）されています。それは460pxに変更した場合でも表示されます。
画像を削除し外してみたところ、サイトのタイトルすら表示されません。
画像のURLで直接画像も表示されますので、画像までのパスも間違ってないようです。
Welcart Bordeauxテーマをダウンロードしたzipの中にあるstyle.cssとheader.phpだけソースをコピペして
上記、教えていただいた状況から考えて「Welcart Bordeaux 1.0.2」とtokunoさんが修正を加えたテーマで違っている部分は「style.css」だと考えます。
また、ブラウザサイズによって見え方が異なっていて、HTMLソース上では問題ないという状況です。
header.phpの中の
<<?php echo $heading_tag; ?> class=”site-title”>
に、以下のように”を入れてみたところ
<<?php echo $heading_tag; ?>” class=”site-title”>
ロゴ画像が表示されました。
スマホで確認したところ、今までロゴ画像が中央に表示されていたのに左寄せになっています。
表示結果<h1" class="site-title">が正しい記述ではなくなり、スタイルが効かなくなります。
Welcart Bordeaux 1.0.2初期状態でも同様な修正を加えるとスタイルが効かなくなります。
上記のことから、スタイルが原因であると考えます。
h1タグ・aタグに設定しているスタイルを再度見直してください。
テンプレート自体は修正していないということなのでh1.site-titlediv.site-title.site-title aあたりを見直してください。
それでも表示されないということでしたら、有償になりますがWelcartレスキューに調査をご依頼ください。